La Sección de Sistemas Centrales es la encargada de la dotación, configuración y mantenimiento de la infraestructura de servidores y del Centro de Proceso de Datos (CPD) en el seno del Área de Sistemas de Información.  Comprende los sistemas operativos, bases de datos, protocolos, y todos los  elementos hardware y software que existen entre la capa de red y la de aplicación.

El Centro de Proceso de Datos de la Universidad de Cádiz se diseñó y construyó en el año 2010. Consta de una sala acorazada de 120 m² de superficie, y está dotado de elementos de seguridad de acceso (muros macizos de 25 cm de espesor, puertas antivandálicas, alarmas, cámaras de visión), de alta disponibilidad energética (dos SAI, dobles cuadros eléctricos, múltiples regletas por armario) y de elementos antiincendios tanto convencionales como de última generación (VESDA). Por último, dispone de elementos de climatización de alta capacidad redundantes y sistema integral de monitorización y control de avisos de todos los elementos anteriores. Se completa el sistema con un grupo electrógeno de 350 KVA de potencia con una autonomía de más de 48 horas.